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很久以前，在歐魯德朗城曾經爆發一場很嚴重的戰爭，勇者亞朗於是決定藉助世界初始之樹及夢幻的力量來平息戰爭，為了不讓自己的神奇寶貝-路卡利歐跟自己一起犧牲，亞朗於是並將牠封印在權杖內，就這樣過了好幾百年......。小智一行人來到了歐魯德朗城，在這裡正舉辦歌誦勇者亞朗的慶典，他們換上了當地的服裝，小智還在慶典舉辦的比賽中拿到優勝，榮獲勇者亞朗的名號。在當晚，正當大家正沉醉在快樂的舞會時，夢幻卻出現了，並帶走了皮卡丘和喵喵。另一方面，就在舞會要結束時，亞朗權杖上的封印竟解除了，從裡面出現了路卡利歐，路...

由杜勳頓所帶領的海盜集團，在海中取得有「蒼海的王子」之稱的瑪納霏的蛋，企圖用以不法之事。但隨即被從中臥底的神奇寶貝保育家傑克·渥卡所奪走。 之後，小智等人在旅途中因缺乏水源，而與一群為「水之民」後代的馬戲團家族結識。當晚小遙夢見一座神殿。後經廣美的解說，眾人方知他們正在替傑克保管瑪納霏的蛋，而那神殿正是牠的故鄉，名為亞克夏。 隨後，杜勳頓等人聞訊前來想把蛋搶回。在混亂之中，瑪納霏在小遙手中孵化了。大家便決定將牠送回神殿；而杜勳頓為了得到隱藏在神殿內的寶物「海之王冠」，極需要瑪納霏來替自己找出...

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